"Pretty Cure Splash Star" non è il seguito di "Pretty Cure Max Heart", bensì lo spin-off. Infatti questa serie abbandona purtroppo, le vicende di Nagisa, Honoka e Hikari e si concentra sulle avventure di due nuove ragazze! Hyuuga Saki, e Mai Mishou Saki e Mai frequentano la scuola media Yuunaki. Saki è bravissima nello sport, sopratutto il softball, sport di cui è campionessa; la sua famiglia lavora in una panetteria e Saki ha una sorellina più piccola di lei. Mai ama l'arte, suo padre è un astronomo, suo fratello vuole seguire le orme paterne e la mamma è una archeologa. Mai vive con la famiglia in un osservatorio. Le due ragazze vengono contattate da Flappy, lo Spirito della Terra e delle piante, il quale ama mangiare (come Mepple) e finisce tutte le sue frasi con la parola "Lapi" e Choppy, lo Spirito degli animali e del cielo! Come Flappy è l'equivalente di Mepple, Choppy è una signorina come Mipple e finisce tutte le sue frasi con la parola "Chopi"! I due esseri provengono dalla Terra di Fontane e conferiscono a Saki e a Mai il potere di trasformarsi rispettivamente in Cure Bloom e in Cure Egret. Flappy fa riferimento al mondo di Saki e Mai come la Terra della Vegetazione, e non al Giardino dell'Arcobaleno (come nelle prime due serie) quindi "Pretty Cure Splash Star" e le prime due serie non sono ambientate nello stesso universo. Il nemico questa volta è l'impero del male di Dark Fall, il cui Capo è Akudaikaan, il quale vuole impossessarsi dell'Albero del Mondo, ed è già riuscito a ottenere sei delle sette fontane che nutrono l'Albero del Mondo - la fonte di tutta la vita per tutti i mondi. Egli si serve di alcuni sicari (Calahan, Moerumba, DoroDoron e come in "Pretty Cure" e in "Pretty Cure Max Heart" c'era Zakenna, in "Pretty Cure Splash Star" c'è l'entità Uzainaa, che sono una serie di mostri!) per trovare la posizione dell'ultima delle sette fontane, la "Fontana di Sole". Il compito delle Pretty Cure è quello di proteggere a ogni costo l'Albero del Cielo contro l'impero di Dark Fall!